또 의료비공제와 신용카드 소득공제의 중복공제가 가능했으나 올해부터는 신용카드 공제시 신용카드로 사용한 의료비중 의료비공제 받은 금액은 신용카드 공제대상에서 제외된다. 즉 의료비 지출액 중 총급여액의 3%가 초과된 의료비를 지난 2006년 12월 이후 신용카드로 결제했다면 이에 대한 카드소득공제를 못 받는다.

결국 의료비지출액이 총급여의 3%미만이어서, 의료비공제를 못받는 근로소득자는 2005년 기준 전체 연말정산 신고자 11,903,039명 중에 88%에 달한다. 따라서 신용카드로 결제한 의료비의 카드소득공제는 가능하므로, 의료비 지출 때 가능하면 신용카드를 사용하는 게 여전히 유리하다.

의료비공제를 받은 경우에도 총급여의 3% 이하분과 의료비공제한도(500만원)를 초과해 의료비공제에서 제외된 의료비 중 신용카드(현금영수증)로 지출한 의료비는 신용카드공제 받을 수 있다.

한국납세자연맹 김선택 회장은 “매년 연말정산이 개정되면서 단서조항이 많아지고 이해하기 힘들다보니 한 항목이라도 더 공제 받기를 원하는 근로자들은 퍼즐풀기를 하듯 어렵고 혼란스럽게 느끼고 있다”면서 “현재 관련 전문가들마저 이해하기 힘든 연말정산 세법개정을 앞으로는 단순하고 쉽게 개정해야하며, 무엇보다 국세청 입장이 아닌 납세자의 입장에서 개정이 이뤄져야 한다”고 지적했다.

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