1995년 12월 29일 제정된 학교용지부담금에 관한 특례법은 2001년 3월 5일 경기도가 최초로 학교용지부담금 관련조례를 제정한 이래 300세대 이상 분양자들에게 분양가의 0.8%를 학교용지부담금으로 부과징수하기 시작하였습니다.

하지만, 300세대가 넘는 소형평수 입주자는 부담금을 내는 반면, 300세대 미만의 대형 평수 입주자는 부담금을 부과하지 않고, 그 금액도 분양가의 0.8%로 지나치게 높으며, 또한 공교육제도하에서 공공재인 학교용지의 확보를 위한 비용은 초, 중등 교육의 수익자가 부담하는 것이 아닌 일반 국민 전체가 국세 및 지방세로 부담하는 것이 원칙이라는 점, 행정편의적으로 실제 거주자가 아닌 최초 분양 계약자에게 무조건 부과하는 점, 학교에 다니는 자녀가 없는 분양 계약자의 경우에도 부담금을 부과하는 것은 수익자부담 원칙에 어긋나고, 개발사업자에게도 학교용지확보의 부담을 지우면서 계약자에게 부담금을 부과하는 것은 이중부과로 계약자의 재산권을 침해하는 등 다분히 불합리한 요소를 내재하고 있었습니다.

한편, 2003년 9월18일 인천지법 행정부(재판장 권순일 부장판사)는 지방자치단체가 3백 가구 이상 공동주택을 최초로 분양받은 자에게 학교용지 부담금을 부과토록 한 현행 "학교용지확보에 관한 특례법" 제2조 2호와 3호, 제5조 1항에 대해 위헌법률 심판을 제청했습니다.

납세자 연맹에서는 학교용지부담금 불복운동을 2003년 10월부터 본격적으로 전개하기 시작하였습니다. 헌법재판소에서 위헌결정이 나면 고지서를 받은 날로부터 이의신청을 한 사람도 부담금을 돌려받는데 납세자 대부분이 이러한 내용을 모르고 있어 이러한 내용을 알리고, 일반인의 이의신청 작성을 돕기 위해 홈페이지에 ‘감사원신사청구서 자동작성’코너를 만들어 제공하고, 지속적으로 부당한 학교용지부담금 불복운동을 전개하였습니다.

2005년 3월 31일 헌법재판소에서 전원일치 위헌이 결정나게 되고, 이에 따라 해당 교육인적자원부에서는 5월 ‘쟁송기한 내 이의제기를 한 자’에게 지자체에서 환급을 해주는 환급지침이 하달하여, 6월부터 광주와 울산을 시작으로 환급이 시작되었습니다.
한편, 2005년 4월 연맹은 각 지방자치단체의 고지서에 정확한 이의신청 안내가 없다는 것을 파악하고, 고지서를 받은 날로부터 180일이내에도 행정심판청구로 환급을 받을 수 있다는 것을 처음으로 알아내어, 이의신청안내를 감사원심사청구에서 행정심판청구로 변경안내하고, ‘행정심판청구 자동작성’코너를 제공하였습니다. 최초에는 각 지자체에서 거센 반발이 있었으나, 광주광역시 행정심판위원회 결정을 시작으로 현재는 행정심판청구 안내를 제대로 한 경기도 화성시를 제외한 지역에서는 고지서를 받은 날로부터 180일 이내에 행정심판청구를 제기한 경우에도 환급을 받게 되었습니다. 또한, 부당한 사유로 인해 환급대상에서 보류된 경우, 환급을 받을 수 있도록 9월부터는 ‘보충서면 자동작성코너’를 제공하고 있습니다.

학교용지부담금은 위헌결정이후, 고지서를 받은 날로부터 감사원심사청구를 90일 이내, 행정심판청구를 180일 이내에 제기한 경우에 한해 11월 경남지역을 마지막으로 전국 지자체에서 환급이 대부분 완료되었습니다.

그러나, 불명확한 규정 및 지침에 의해 환급이자는 전혀 없이 환급이 되고 있습니다. 이 역시 명백히 부당한 처사라고 연맹은 판단하여, 2006년 2월 23일 연맹의 정책위원장 최원 변호사가 원고 2인을 대리하여 환급이자소송을 제기하였습니다.